Когда-то потерял не один день на єксперименты и курение документации по этому вопросу.
У меня в проекте есть готовое решение, но оно довольно громоздкое и под свои нужды и выкладывать его сюда целиком не буду, только код отвечающий за непосредственно добавление водяного знака.
По хорошему надо ещё определить высоту и ширину видео и подставить ватермарк нужного размера.
PHP:
$video_bitrate = '2500k';
$audio_bitrate = '128k';
$video = $video_dir.$video['src']; //полный путь к видео
$watermak="-i logo_watermark200.png -filter_complex \"overlay=main_w-overlay_w-30:main_h-overlay_h-30\"";
$command="ffmpeg -i $video $watermak -acodec libmp3lame -b:a $audio_bitrate -ac 2 -vcodec libx264 -b:v $video_bitrate -preset faster -threads 0 -g 25 ";
exec($command,$exec_out);
print_r($exec_out);
Картинку из текста можно создать с помощью ImageMagic