Файл not_mine не блкирует стучалки. Он помогает совершать стандартное обновление действующего лицензионного битрикс без показа серверам битрикса, что у вас установлены "левые" модули или решения, не предусмотренные вашим лицензионным ключом.
А стучалки из устанавливаемых "левых" модулей или решений вы вырезаете вручную сами, выполняя поиск этих стучалок в коде каждого файла модуля или решения. Можно конечно воспользоваться
этой темой для экономии времени от ручного поиска стучалок, но это не дает гарантию, что в новых версиях модулей или решенияй разработчики не добавили новые стучалки. Причем, в
этой теме указаны
не все стучалки.
Я считаю, что каждому нужно контролировать содержимое файла not_mine самому, так как в него изначально может добавиться не все "левые" модули, которые у вас установлены, или вообще ничего не добавится. А еще может быть, что у вас установлено, например, только 2 "левых" модуля, поэтому в файл not_mine лучше прописать эти 2 модуля и сэкономить немного место на диске. В этом случае вам список всех модулей не нужен. К тому же иногда в маркетплейсе битрикса появляются новые модули, которые вы можете захотеть поставить себе, и их название скорее всего будет отсутсвовать в файле not_mine, плюс после обновления Битрикса файл not_mine может быть "обнулен", то есть приведен в исходное состояние.
Что касается защиты, то сомневаться в безопасности неизвестных вам модулей - это ваше право и оно вполне естественное, поэтому если вы не доверяете, то можете после выполнения его работы просто удалить его, если, речь идет про модуль bxproject.updater
